《本草綱目》編寫後，李時珍希望早日出版，為了解決《本草綱目》的出版問題，70多歲的李時珍，從武昌跑到當時出版業中心南京，希望通過私商來解決。由於長年的辛苦勞累，李時珍終於病例在床，病中囑咐他的孩子們，將來把《本草綱目》獻給朝廷，借助朝廷的力量傳佈於世。可惜李時珍還沒有見到《本草綱目》的出版，就與世長辭了。這年，他剛滿76歲。
不久，明皇帝朱詡鈞，為了充實國家書庫，下令全國各地向朝廷獻書，李時珍的兒子李建元，將《本草綱目》獻給朝廷。朝廷批了“書留覽禮部知道”七個字，就把《本草綱目》擱置一邊。後來仍在南京的私人刻書家胡承龍的刻印下，在李時珍死後的第3年，《本草綱目》出版了。公元1603年，《本草綱目》又在江西翻刻。從此，在國內得到廣泛的傳播。據不完全統計，《本草綱目》在國內至今有三十多種刻本。
公元1606年《本草綱目》首先傳入日本，1647年波蘭人彌格來中國，將《本草綱目》譯成拉丁文流傳歐洲，後來又先後譯成日朝法德英俄等文字。
李時珍對人類的貢獻是偉大的，因此深受後世人的尊敬，為了紀念這位偉大的醫藥學家，《明史》《白茅堂集》都為他寫下了傳記。清光緒年間在李時珍墓地立碑紀念。解放後，李時珍基地，又得到再次修整。 1956年科學家郭沫若以題詞作紀念，寫道“醫中之聖，集中國藥學之大成，本草綱目乃1892種藥物說明，廣羅博采，曾費三十年之殫精。造福生民，使多少人延年活命!偉哉夫子，將隨民族生命永生。”
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