淳於意為使自己專志醫術，辭去官職，不營家產，長期行醫民間，對封建王侯卻不肯趨承。趙王膠西王濟南王吳王都曾召他做宮廷醫生，他都一一謝絕了。因常拒絕對朱門高第出診行醫，被富豪權貴羅織罪名，送京都長安受肉刑。其幼女淳於緹縈毅然隨父西去京師，上書漢文帝，痛切陳述父親廉平無罪，自己願意身充官婢，代父受刑。文帝受到感到，寬免了淳於意，且廢除了肉刑。
淳於意診斷疾病，注意詳細記錄病案。他將典型病例進行整理，寫出了中國醫學史上第一部醫案—《診籍》。
淳於意像齊文王患肥胖病，氣喘頭痛目不明懶於行動。淳於意聽說後，認為文王形氣俱實，應當調節飲食，運動筋骨肌肉，開闊情懷，疏通血脈，以瀉有餘。可是有一庸醫施以灸法，使文王病情加重致死。於是王公貴族誣滔倉公“不為人治病，病家多怨之者。”加之同時趙王膠西王濟南王請倉公為其治病而未至。官府聽信誣告，把淳於意傳到長安受刑。淳於意生有五女，當皇帝詔書進京問罪時，他感傷無男隨行。於是小女兒堅持隨父進京並上書朝廷，申述父親無罪，並願意為奴以換取父親的自由。經漢文帝詔問，遂使淳於意被赦免而回故里。淳於意在應詔回答漢文帝詢問時敘述了自己學醫行醫的經過，業務專長師承診療效果病例等，史稱“診籍”共計25個病案。他所答詔的病案格式一般均涉及病人的姓名年齡性別職業籍裡病狀病名，診斷病因治療療效預後等，從中反映了淳於意的醫療學術思想與醫案記錄上的創造性貢獻。“診籍”中還真實地報告了治療效果25例患者有10例醫治無效而死亡。反映了中國古代醫家實事求是的優良傳統。
淳於意象秦越人一樣，並沒有把醫學經驗的傳授限定在神秘而狹小的範圍內，而是廣泛傳授醫術，他因材施教，培養宋邑高期王禹馮信杜信唐安以及齊丞相府的宦者平等人，是秦漢時期文獻記載中帶徒最多的一位醫家。
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