上卷載有“古人所繪臟腑圖形”和王氏“親見改正臟腑圖形”，並從解剖和生理學角度撰寫了“會厭左氣門右氣門衛總管氣府血府記”“津門津管遮食總提瓏管出水道記”以及“腦髓說”“氣血合脈說”等。記敘其通過屍體解剖觀察所見，糾正古人對臟腑解剖和生理功能認識上的某些錯誤。並闡明其“業醫診病，當先明臟腑”和“治病三要訣，在明白氣血”的學術觀點。
上卷中還包括“方敘”以及通竅活血湯血府逐瘀湯膈下逐瘀湯所主治等篇，主要論述瘀血形成的病理和瘀血證治，並分別創製活血化瘀新方劑。如治療頭面四肢週身血管血瘀創製通竅活血湯加味止痛沒藥散及通氣散;治療胸中血府血瘀諸症則用血府逐瘀湯;治療肚腹血瘀之證則用膈下逐瘀湯等，為治療人身不同部位血瘀病證提供了新鮮經驗。
本書下卷主要是論述王清任運用祖國醫學氣血學說對半身不遂口眼歪斜小兒半身不遂癱痿瘟毒吐瀉轉筋抽風痘疹女子不孕難產痺證癲狂癇證等50餘種病症的臨床醫學理論認識和診治經驗。特別是著重介紹了王清任結合不同病症的病因病機特點而創製的活血化瘀方劑，諸如補陽還五湯止瀉調中湯保元化滯湯助陽止癢湯黃芪桃仁湯黃芪赤風湯黃芪防風湯急救回陽湯解毒活血湯通經活血湯會厭逐瘀湯身痛逐瘀湯癲狂夢醒湯少腹逐瘀湯等，大大豐富了祖國醫學瘀血理論和活血化瘀法的臨床實踐。該書除了記述他對人體解剖方面的貢獻外，用了更多的篇幅論述了他對氣血為病，特別是氣虛血瘀症的診治經驗。書名為《醫林改錯》，內容實質確屬關於瘀血和活血化瘀之專著。
由於王清任所處歷史環境受封建社會的強烈束縛，他所觀察的人體臟器解剖記載存在著許多錯誤，故後事醫家對此褒貶不一，爭議頗大。但客觀來說，他不失是中國醫學史上一位有膽有識具有革故鼎新思想的傑出醫學家。他繼承並創造性地發展了中國醫藥學，特別是血瘀論及活血化瘀治法的研究，從理論到實踐均做出了巨大貢獻，被譽稱為活血化瘀名家。目前，對“血瘀”和活血化瘀法的研究，已引起了國內外醫學界的普遍重視，形成了獨特的醫學體系。因此，王清任被公認為是活血化瘀派的代表人。
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