蘄蛇，即蘄州產的白花蛇。這種藥有醫治風痺驚搐癬癩等功用。李時珍早就研究它。但開始，只從蛇販子那裡觀察。內行人提醒他，那是從江南興國州山裡捕來的，不是真的蘄蛇。那麼真正蘄蛇的樣子又是怎麼樣的呢？他請教一位捕蛇的人。那人告訴他，蘄蛇牙尖有劇毒。人被咬傷，要立即截肢，否則就中毒死亡。在治療上述諸病有特效，因之非常貴重。州官逼著群眾冒著生命危險去捉，以便向皇帝進貢。蘄州那麼大，其實只有城北龍峰山上才有真正的蘄蛇。李時珍追根究底，要親眼觀察蘄蛇，於是請捕蛇人帶他上了龍峰山上。那裡有個狻猊洞，洞周圍怪石嶙峋，灌木叢生。纏繞在灌木上的石南籐，舉目皆是。蘄蛇喜歡吃石南籐的花葉，所以生活在這一帶。李時珍置危險於度外，到處尋找。在捕蛇人的幫助下，終於親眼看見了蘄蛇，並看到了捕蛇制蛇的全過程。由於這樣深入實際調查過，後來他在《本草綱目》寫到白花蛇時，就得心應手，說得簡明準確。說蘄蛇的形態是“龍頭虎口，黑質白花脅有二十四個方勝文，腹有念珠斑，口有四長牙，尾上有一佛指甲，長一二分，腸形如連珠”；說蘄蛇的捕捉和製作過程是“多在石南籐上食其花葉，人以此尋獲。先撒沙土一把，則蟠而不動，以叉取之。用繩懸起，刀破腹以去腸物，則反尾洗滌其腹，蓋護創爾，乃以竹支定，屈曲盤起，扎縛炕干。”同時，也搞清了蘄蛇與外地白花蛇的不同地方“出蘄地者，雖乾枯而眼光不陷，他處者則否矣。”這樣清楚地敘述蘄蛇各種情況，當然是得力於實地調查的細緻。 李時珍了解藥物，並不滿足於走馬看花式的調查，而是一一采視，對著實物進行比較核對。這樣弄清了不少似是而非含混不清的藥物。用他的話來說，就是“一一采視，頗得其真”，“羅列諸品，反覆諦視”。

　　 當時，太岳太和山五龍宮產的“榔梅”，被道士們說成是吃了“可以長生不老的仙果”。他們每年採摘回來，進貢皇帝。官府嚴禁其他人採摘。李時珍不信道士們的鬼話，要親自採來試試，看看它究竟有什麼攻效。於是，他不顧道士們的反對，竟冒險採了一個。經研究，發現它的功效跟普通的桃子杏子一樣，能生津止渴而已，是一種變了形的榆樹的果實，並沒有什麼特殊攻效。 鯪鯉，即今天說的穿山甲，是過去比較常用的中藥。陶弘景說它能水陸兩棲，白天爬上巖來，張開鱗甲，裝出死了的樣子，引誘螞蟻進入甲內，再閉上鱗甲，潛入水中，然後開甲讓螞蟻浮出，再吞食。為了瞭解陶弘景的說法是否對頭，李時珍親自上山去觀察。並在樵夫獵人的幫助下，捉到了一隻穿山甲。從它的胃裡剖出了一升左右的螞蟻，證實穿山甲動物食蟻這點，陶弘景是說對了。不過，從觀察中，他發現穿山甲食蟻時，是搔開蟻穴，進行舐食，而不是誘蟻入甲，下水吞食，李時珍肯定了陶弘景對的一面，糾正了其錯誤之處。

　　 就這樣，李時珍經過長期的實地調查，搞清了藥物的許多疑難問題，於萬曆戊寅年完成了《本草綱目》編寫工作。全書約有200萬字，52卷，載藥1892種，新增藥物374種，載方10000多個，附圖1000多幅，成了我國藥物學的空前巨著。其中糾正前人錯誤甚多，在動植物分類學等許多方面有突出成就，並對其他有關的學科也做出貢獻。達爾文稱讚它是“中國古代的百科全書”。