慢性結直腸炎由於病因不明，病程長，反覆發作，故在治療上亦十分棘手。雖說棘手但也可以治療，那應該怎樣治療？
調理
病人適當休息，進清淡少渣營養豐富無刺激性的食物，並做到心情愉快，勞逸結合。
全身治療
1.可根據病情口服肌注或靜滴抗生素。
2.中藥治療
慢性期體虛無力，以排粘液為主。常用方劑有太子參炙黃芪白朮甘草罌栗殼白芍石榴皮明礬，水煎內服，1日2次。
慢性直腸炎急性發作時，予以清熱解毒潤腸通便。裡急後重，便次多者用枳實導滯丸清理蕩積。
局部治療
直腸粘膜水腫者，可用生理鹽水0.5-1%鞣酸15000高錳酸鉀溶液灌洗直腸。粘膜糜爛者，可塗以%醋酸可的松溶液或10%硝酸銀溶液。括約肌肛提肌痙攣者，可將溫橄欖油注入直腸內。直腸粘膜萎縮變干者，可每晚於直腸內注入0.5%薄荷油適量。臨床上，用蜂蜜芝麻油各50-100毫升和黃霉液50-100毫升，隔一天交替保留灌腸，每天2次，有很好的療效。
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