先天性心臟病在正常人群中發病率大約1%，這是一個不小的數字，按10億人口計算，大約有1千萬人患先天性心臟病。先天性心臟病不屬於遺傳性疾病，但有些家庭有多個子女患不同種的先天性心臟病，或多個堂兄弟姐妹患病。一般來講一級親屬中有一個患先天性心臟病，則其他人患病的機率上升3倍，兩個成員患病則機率上升為9%,如果三個成員患病，則其他成員患先天性心臟病的可能性上升至50%。
先天性心臟病的發病機制比較複雜，至今沒有肯定的答案，只能說是遺傳和環境多方因素複雜的相互作用的結果。但已知的危險因素包括懷孕早期的病毒感染，海拔高度，孕期營養缺乏，羊膜的病變，胎兒受壓，妊娠早期先兆流產，糖尿病高血鈣，放射線和細胞毒性藥物在妊娠早期的應用，母親年齡過大等。另外根據統計，高海拔地區比如青海西藏等先天性心臟病的發病率高於平原地區數倍，具體原因尚未查明。至於遺傳方面，先天性心臟病具有一定程度的家族發病趨勢，可能因父母生殖細胞染色體畸變所引起的。但目前遺傳學研究認為，多數的先天性心臟病是由多個基因與環境因素相互作用所形成，也就是說父母親有先天性心臟病，並不能直接導致子女得病。
先天性心臟病不一定有遺傳因素，但是某些先天性心臟病兒卻與遺傳有關，不過不一定父母有心臟病，而是父母的染色體中有問題，譬如象2 1—三體綜合征，18—三體綜合征，這些有染色體位置改變或異常的都是與遺傳有關的。所以說父母有心臟病，孩子不一定有心臟病;父母沒有心臟病，孩子不一定就不會有先天性心臟病。
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