食管癌的病因目前仍不十分清楚。可能與水源環境以及不良飲食習慣等因素有關。
實際上，食管癌帶有明顯的地域特點，在我國河南河北福建廣東是食管癌高發區，尤其是汕頭汕尾潮州梅州揭陽河源等粵東地區的發病人數佔了全省的一半以上，可能與當地居民偏好醃製食物喝功夫茶和熱粥等飲食習慣有關。
據悉，食管癌是廣東地區高發的癌症之一，最主要的致病因素可歸咎於飲食習慣不良，尤其是嗜吃醃製食物，其中的亞硝酸胺是醃製食物中的強致癌物質。醫生提醒，要遠離食管癌，最關鍵是改變不良的飲食習慣，少吃醃製食物，選擇新鮮食物。而高發病地區的人群則應該每年做一次胃鏡篩查以早期發現食管癌。
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