中西藥聯合應用不當時也會產生不良反應，出現現毒副作用而影響臨床療效。在中西藥並用，或中西藥在一日之內交替使用時，都必須嚴枰格掌屋中西藥的配伍禁忌。
1)形成難溶性物質如四環素族及異煙肼等能與石膏海螵蛸石決明龍骨牡蠣瓦楞子等所含鈣鎂鐵鋁等離子產生反應，生成難溶於水的絡合物，影響前者的吸收，從而降低療效。
2)影響藥物的分佈與排泄如磺胺類藥物與富含有機酸的烏梅蒲公英五味子山楂等同用，可致磺胺在尿中形成結晶;這類中藥還可增加夫喃妥因利福平阿司匹林消炎痛等藥在腎臟的重吸收，引起蓄積中毒。
3)抑制酶活性砷可與酶結合形成不溶化的沉澱而使酶失活，故酶類西藥如胃蛋白酶多酶片乳酶終生澱粉酶胰酶等不能與含砷中成藥六神丸牛黃解毒丸小兒奇應丸解毒消炎丸等合用。
4)酸鹼中和如山楂山茱萸五味子及烏梅丸山楂丸保和丸六味地黃丸等酸性中藥不應與氨茶鹼碳酸氫鈉胃舒平等鹼性藥合用，兩者療效均受影響。
5)產生毒性反應如含汞的硃砂安神丸六神丸人丹七厘散紫雪丹蘇合千香丸冠心蘇合丸等，不能與溴化鉀溴化鈉碘化鉀碘化鈉硫酸亞鐵等同服，因可發生還原反應，生成有毒的溴化汞硫化汞碘化汞等。
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